Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendididikan dan Kebudayaan Repuplik Indonesia Nomor : 0473 / O / 1983, tanggal 9 Nopember 1983 tentang Pembukaan, Penunggalan dan Penegrian SMA, berlokasi di Desa Sukoharjo Ngaglik Sleman Yogyakarta didikan sebuah SMA dengan nama SMA Negeri Ngaglik. Secara operasinalnya SMA Negeri Ngaglik mulai menerima siswa baru pada tahun pelajaran 1983 / 1984, sebanyak 3 kelas dengan kapasitas masing-masing kelas 40 orang.
Pada awal permulaan beroperasinya sekolah, gedung baru dalam proses dibangun yang berlokasi di Sukoharjo Ngaglik Sleman, begitu juga Guru dan tenaga Kependidikan lainnya belum disiapkan. Oleh karena itu untuk sementara SMA Negeri Ngaglik dititipkan pada SMA Negeri Donoharjo, yang beralamatkan di Donoharjo Ngaglik Sleman Yogyakarta, yang berjarak dari lokasi yang seharusnya sekitar 5 km, kearah barat laut. Sekolah ini ternyata ruang yang dapat dipergunakan untuk proses belajar mengajar juga tidak ada ruang lebih, sehingga secara darurat SMA Negeri Ngaglik ditempatkan di sebuah barak penampungan korban bencana gunung merapi yang terletak di dusun Balong Donoharjo Ngaglik Sleman yang berjarak 1 km kearah utara. Tempat ini sebenarnya tidak layak untuk ditempati, karena keadaannya memang sudah sangat membahayakan terutama pada saat musim hujan, apalagi untuk sebuah sekolah.
Di awal semester 2 tahun pelajaran 1983 / 1984, pembangunan gedung di Sukoharjo sudah ada satu unit yang rampung. Atas petunjuk Dinas Pendidikan Propinsi DIY pengelola sekolah diminta untuk mengajukan permohonan kepada pihak pengembang untuk dapat meminjam guna ditempati 3 kelas. Setelah diadakan pendekatan, pengembang mengizinkan meminjamkan gedung yang sudah jadi, meskipun perabot dan perlengkapan lainnya belum ada. Maka kegiatan belajar mengajar SMA Negeri Ngaglik berpindah tempat ke Sukoharjo Ngaglik mulai awal semester 2 tahun pelajaran 1983 / 1984, dengan fasilitas seadanya.
Dalam perkembangannya nama SMA Negeri Ngaglik , sesuai dengan peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan tentang penataan nama-nama sekolah berdasarkan lokasi tempat keberadaan sekolah, mengalami sedikit perubahan. Di Kecamatan Ngaglik ada 2 SMA negeri yaitu SMA Negeri Donoharjo dan SMA Negeri Ngaglik. Perubahan nama menjadi ; SMA Negeri Donoharjo berubah menjadi SMA Negeri 1 Ngaglik, sedangkan SMA Negeri Ngaglik berubah menjadi SMA Negeri 2 Ngaglik, dan berlaku hingga saat ini.